SQLiteではデータベース全体を管理しているようなサーバアプリケーションは存在せず、個々のデータベース毎にファイルを一つ作成し、データベースに関する情報は全てそのファイル内に格納して管理しています。
その為、データベースを削除するには単にデータベースファイルを削除するだけで完了となります。